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No intuito de priorizar as ações de gestão nas áreas com comprometimento quantitativo e/ou qualitativo, foi realizado um estudo pela ANA, em 2012, para identificação de corpos de água críticos (principalmente nos rios federais), considerados de especial interesse para a gestão de recursos hídricos. A metodologia utilizada nesse estudo está descrita na Nota Técnica Conjunta ANA nº 02/2012/SPR/SRE, onde os trechos identificados foram classificados em diferentes tipologias. A lista completa dos trechos de especial interesse para a gestão de recursos hídricos, identificados em corpos hídricos de domínio da União segundo o balanço hídrico quali-quantitativo, consta na Portaria da ANA nº 62, de 26 de março de 2013. Um estudo de refinamento de dados nas bacias críticas foi iniciado em 2014 e concluído em 2016. Os objetivos foram refinamento das demandas, da hidrologia e da qualidade da água nessas bacias.