El estado de Querétaro se ha considerado como pobre en cuanto a diversidad de plantas vasculares acuáticas, en parte debido a que una porción de su territorio se desarrolla en zonas áridas. Sin embargo, a pesar de que recientemente el Bajío se ha colectado intensamente, los cuerpos acuáticos estaban aún pobremente explorados. Durante este proyecto se colectó por un año en charcos, ríos, presas y canales y se revisaron los herbarios IEB, MEXU y QMEX. Se encontraron en total 242 especies distribuidas de la siguiente manera: 41 especies de acuáticas estrictas, 15 de las cuales son nuevos registros para el estado, 82 especies de subacuáticas, 39 de ellas nuevos registros y las 119 especies restantes son plantas tolerantes. Las zonas de mayor diversidad fueron los charcos temporales en la zona de Amealco-Huimilpan que cuentan con 22 especies de acuáticas estrictas. Estos charcos sirven como refugio a numerosas aves acuáticas en el invierno, pero es muy probable que desaparezcan pronto debido al aumento de población en la zona. En San Juan del Río y Querétaro, así como el Moctezuma, el agua está fuertemente contaminada y cubierta de lirio y Lemna. La zona de la Sierra Gorda también es poco diversa pero porque los ríos son de rápidos y de aguas turbias.